Marynarze z gdyńskiej 3. Flotylli Okrętów pomagają policjantom z Komend Miejskich Policji w Gdyni i Gdańsku oraz Komend Powiatowych Policji w Kościerzynie i Kartuzach w kontrolowaniu osób przebywających na kwarantannie. Patrole pytają także o stan zdrowia oraz ewentualne formy pomocy.
Oprócz pomocy udzielanej Policji, marynarze 3. Flotylli Okrętów wraz z żołnierzami Ośrodka Szkolenia Nurków i Płetwonurków Wojska Polskiego oraz 6. Ośrodka Radioelektronicznego wspierają również Powiatowe Stacje Sanitarno-Epidemiologiczne i Wojskowy Ośrodek Medycyny Prewencyjnej w Gdyni poprzez wydzielenie pięciu zespołów wymazowych, pobierających materiał biologicznych od osób z podejrzeniem zakażenia wirusem SARS-CoV-2, które działają w województwie pomorskim.
Żołnierze w marynarskich mundurach są obecni również w szpitalach na terenie województwa pomorskiego, m.in. w Trójmieście, na Helu i w Kościerzynie, gdzie wraz z żołnierzami 12. Dywizji Zmechanizowanej ze Szczecina i 7. PBOT realizują zadania związane z ograniczeniem rozprzestrzeniania się koronawirusa oraz wspierają personel medyczny i szpitalną administrację.
W trybie ciągłym w 3. Flotylli Okrętów utrzymywane są także kilkudziesięcioosobowe zespoły do dezynfekcji w gotowości do natychmiastowego użycia.
Już wiosną tego roku, marynarze aktywnie nieśli pomoc, ewakuując pensjonariuszy Domu Pomocy Społecznej „Bryza” w Koleczkowie, gdzie odnotowano przypadki zakażenia wirusem Sars-CoV-2. Do udziału w akcji Marynarka Wojenna wydzieliła Zespół Ewakuacji Medycznej, w składzie którego operowali marynarze z Komendy Portu Wojennego Gdynia, Ośrodka Szkolenia Nurków i Płetwonurków Wojska Polskiego oraz 6. Ośrodka Radioelektronicznego. Akcja ewakuacji prowadzona była we współdziałaniu z żołnierzami 7. Pomorskiej Brygady Obrony Terytorialnej.